В соответствии с распоряжением Председателя Правительства Севастополя от 17.09.2014 года № 307 «О создании некоммерческой организации «Севастопольский фонд поддержки субъектов предпринимательства» и Приказа Головного управления экономического развития Севастополя от 21.10.2014 № 4 «О создании некоммерческой организации «Севастопольский фонд поддержки субъектов предпринимательства» был создан НКО «Севастопольский фонд поддержки предпринимательства», единственным учредителем которого в настоящее время является Департамент экономического развития города Севастополя. В 2020 году Приказом от 28.05.2020 № 52-о в структуре Фонда был создан Центр поддержки экспорта города Севастополя.
Центр поддержки экспорта города Севастополя начал работу в 2020 году и осуществляет свою деятельность в рамках реализации мероприятия по созданию и (или) развитию центров поддержки экспорта, осуществляемого субъектами Российской Федерации, бюджетам которых предоставляются субсидии на государственную поддержку малого и среднего предпринимательства в субъектах Российской Федерации в целях достижения целей, показателей и результатов региональных проектов, обеспечивающих достижение целей, показателей и результатов федерального проекта «Акселерация субъектов малого и среднего предпринимательства», входящего в состав национального проекта «Малое и среднее предпринимательство и поддержка индивидуальной предпринимательской инициативы».